Geschichte:
Durch den Grunderwerb des Ebracher Klosters im Jahr 1140 wird der Ort erstmals urkundlich erwähnt. Der älteste Siedlungskern befindet sich im Norden des Ortes und orientiert sich um die ehemalige Gumbertuskirche, die heute an ihrem barocken Dachreiter zu erkennen ist. Der zweite Siedlungskern ist um die befestigte Jakobskirche, die heutige Pfarrkirche, entstanden. Bis zum 30jährigen Krieg lagen die beiden Ortskerne nicht zusammen. Erst allmählich wuchsen die beiden Ortsteile. Das Jahr 1500 war von großer Bedeutung: Durch die Errichtung eines Klosteramtes vom Kloster Ebrach wurde eine Fähre über den Main gebaut, die den direkten Weg nach Ebrach ermöglichte. Und diese Fährverbindung besteht heute noch, wo Jochen und Willi für eine gute und sichere Überfahrt sorgen. Der Ort wurde von mehreren Ortsherren gemeinschaftlich verwaltet, bis er nach der Säkularisierung 1806 nach Bayern kam. Nach einer kurzen Phase der Zugehörigkeit zum Großherzogtum Würzburg 1810 bis 1814 kam Mainstockheim endgültig zu Bayern. Mainstockheim gehört seit 1978 zur Verwaltungsgemeinschaft Kitzingen.
Der amtierende Bürgermeister von Mainstockheim ist Karl-Dieter Fuchs.

Die jüdische Geschichte Mainstockheims ist hier zu finden.

Gespalten von Grün und Silber; vorne ein silberner Wellenschrägbalken, hinten ein bewurzelter roter Baumstock, so zeigt sich das Wappen von Mainstockheim. Das Wappen leitet sich von einem Ortswappen aus dem 16. Jahrhundert ab. Der Wellenbalken und die Farbe Grün stellen die geografische Lage des Ortes in der Flusslandschaft am Main dar. Der Baumstock steht redend für den Ortsnamenbestandteil "-stock-". Die Farben Rot und Silber sind die Farben Frankens.